За последние годы ЗАО «ВАГОНМАШ» успешно разработало и реализовало несколько значимых проектов в области вагоностроения.

Одним из последних завершенных проектов стало изготовление для нового фирменного поезда класса «люкс», получившего название «Экспресс», трёх современных вагонов-ресторанов с новым интерьером, улучшенной планировкой, эксклюзивным дизайнерским оформлением, дополнительным оборудованием для кухни. В августе 2007 года предприятие согласовало и подписало с одним из своих основных заказчиков – ОАО «Российские железные дороги» техническое решение на разработку и производство данных вагонов-ресторанов. И уже начиная с конца декабря 2007 года вагоны в составе поезда «Экспресс» начали принимать первых пассажиров. ЗАО «ВАГОНМАШ» с 2003 года строит для РЖД вагоны-рестораны для включения их в составы фирменных поездов, но изготовление вагонов-ресторанов класса «люкс» было осуществлено предприятием впервые.

Другим проектом, который завершился в августе 2009 года, стала поставка вагонов для Варшавского метрополитена (Польша). Летом 2007 года ЗАО «ВАГОНМАШ» заключило экспортный контракт на поставку первых 30 вагонов. В апреле 2009 года был подписан контракт на поставку двух дополнительных составов. Всего за 2008-09гг. ЗАО «ВАГОНМАШ» поставило в Польшу 42 вагона. Все вагоны были специально разработаны по техническим требованиям Варшавского метрополитена. Они существенно отличаются от вагонов серийно выпускающихся моделей, т.к. оснащены новым оригинальным современным интерьером, выполненным из пожаробезопасных материалов, высокопроизводительной принудительной вентиляционной системой пассажирских салонов. Как следствие значительно снижен уровень шума в пассажирских салонах за счет ухода от традиционной вентиляции. На вагонах используется современная система пожарной сигнализации и автоматического пожаротушения отдельных пожароопасных узлов. В салоне вагонов установлены антивандальные сидения европейского производства. Комплексная цифровая информационная система, обеспечивает следующие функции: видеонаблюдение всех салонов и кабин, с сохранением видеоинформации; транслирование речевой информации по поезду; связь «пассажир – машинист»; транслирование и вывод информации на цифровые информационные панели «бегущая строка», установленные по две на каждом вагоне. Две световые линии на основе люминесцентных ламп обеспечивают необходимую освещенность и гармонично вписываются в дизайн пассажирского салона. Вагоны снаружи имеют лакокрасочное покрытие с повышенными противопожарными свойствами, производства европейской компании. Из конструкции вагонов исключены асбестосодержащие материалы. Головная часть выполнена на основе металлического каркаса, снаружи облицованного стеклопластиком. В головной части предусмотрена дверь, обеспечивающая эвакуацию пассажиров на рельсовые пути, в случае аварийной ситуации. Кабина машиниста выполнена в соответствии с современными эргономическими требованиями, имеет лобовое стекло увеличенного размера, а так же оригинальные зеркала заднего вида, что в комплексе обеспечивает повышение обзорности для машиниста, предусмотрена система кондиционирования воздуха, кресло машиниста повышенной комфортности. Пульт машиниста новой конструкции, разработан в соответствии с российскими и европейскими требованиями эргономики, оснащен контрольно-измерительными приборами, светосигнальными и коммутационными элементами, используемыми ведущими мировыми производителями рельсового транспорта. Новый контроллер машиниста – основной орган управления движением поезда, выполнен на современной элементной базе, что позволило значительно уменьшить его габариты.

Предприятие не останавливается на достигнутом. В настоящее время ЗАО «ВАГОНМАШ» реализует крупный инновационный проект по созданию в Российской Федерации первого современного поезда метро четвертого поколения, по техническим параметрам, дизайну и основным конструктивным решениям не уступающего ведущим мировым аналогам в области вагоностроения (проект «НеВа»). ЗАО «ВАГОНМАШ» приступило к реализации проекта «НеВа» в начале 2007г., когда было подписано соглашение на разработку конструкторско-технологической документации с компанией «Шкода Транспортейшн». 4 ноября того же года состоялось подписание протокола о сотрудничестве двух компаний в присутствии Губернатора Санкт-Петербурга Валентины Матвиенко и Премьер-министра Чешской Республики Мирека Тополанека в городе Прага во время посещения Чешской республики официальной делегации Санкт-Петербурга. 10 июля 2009 года на ЗАО «ВАГОНМАШ» состоялась презентация первого вагона Проекта «НеВа». В торжественной церемонии приняли участие Губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко, руководители Администрации города, а также начальники ведущих метрополитенов России, СНГ и ближнего зарубежья. В январе 2011 года в преддверии передачи первых вагонов проекта «НеВа» на испытания в ГУП «Петербургский метрополитен», предприятие посетили с рабочим визитом руководители администрации Санкт-Петербурга во главе с Губернатором. В текущем году планируется получение сертификата соответствия с последующим участием в конкурсе на поставку вагонов метро «НеВа» для Петербургского метрополитена. Испытания первых вагонов начались в марте 2011 года. Специально для серийного выпуска вагонов нового типа, руководство предприятия приняло решение о строительстве  производственного Комплекса на площадке дочернего предприятия ВАГОНМАШа – ОАО «Петербургский трамвайно-механический завод» (Калининский район, Санкт-Петербург). В 2013 году планируется завершить строительство Комплекса и приступить к серийному выпуску новых поездов. Инвестиции на производство первого шестивагонного состава и строительство площадки для серийного выпуска вагонов типа «НеВа» составят около 3 млрд. рублей.

Также одним из самых крупных проектов, осуществленных предприятием за последние годы, стало проектирование и производство вагонов нового поколения для Казанского метрополитена. «ВАГОНМАШ» построил пять 4-вагонных поездов с асинхронным приводом и микропроцессорной системой управления. В феврале 2005 года на предприятии прошла торжественная приемка первого электропоезда, построенного для столицы Татарстана. В ней приняли участие мэр Казани Камиль Исхаков, его заместители и руководители городских ведомств. «Мы рады, что для нашей подземки собраны самые последние достижения современного метростроения, многие новации применены впервые», - отметил тогда господин Исхаков. Торжественное открытие Казанского метрополитена состоялось 27 августа 2005 года в дни празднования 1000-летия города Казани. На открытии присутствовали Президент Российской Федерации В.В. Путин, Президент Татарстана М.Ш. Шаймиев, Президент Республики Казахстан Н.А. Назарбаев, главы субъектов Российской Федерации, министры правительства России.

ЗАО «ВАГОНМАШ» является производителем первого в России и СНГ поезда метрополитена с асинхронным тяговым приводом, который был изготовлен в 2001 году для Киевского метрополитена.